经典案例
单分子测序技术研究高粱转录本
研究背景
mrnaqiantidekebianjianqiehekebianduoxiangansuanhuajidadeyingxianglezhuanlubendeduoyangxing，bianmanengli，yingxianglejiyinzuhejiyindediaokongjizhi。erdaicexuguangfanyongyuzhuanluzufenxi。ranerduanxuliereadsdezhuyaoquedianshibunengzhunquedeyucequanzhangkebianjianqie。benyanjiutongguopacific biosciencesdanfenzishishicexujishujiancelegaoliangzhuanluben，bingqiekaifaleyigeliuchengtapis（zhuanlubenyigoutifenxiliucheng）yonglaijiandingquanzhangjianqieyigoutihekebianduoxiangansuanhuaweidian。
研究方法
研究结果
1 yigouticexufenxiliucheng
2 a：可变剪切数量；b：基因产生异构体的数量；c：一个基因产生13个新的剪切异构体。
3 PCR验证lso-seq鉴定得到的剪切异构体。
4 可变多腺苷酸分析。a：poly(A) 位点分布数量；b：3'UTR具有多腺苷酸化位点的转录本；c：PCR多腺苷酸化位点验证。
研究结论
我们的分析展示了转录组层面的全长异构体，并得到了多达11000个新的剪切体。而且我们得到了11000个表达基因的可变多腺苷酸化位点和超过2100个新基因。这些结果极大的改善了高粱基因注释并且对基因调控进行了补充。转录本剪切体分析流程对于各种生物Iso-Seq数据分析是一个有用的工具。
参考文献
A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. [Nature Communications, 2016]
